En este trabajo se estudia una técnica para la estimación del término fuente en una ecuación bidimensional de reacción-advección-difusión-fuente. La identificación de este término constituye un problema inverso mal planteado en el sentido de Hadamard, dado que el operador inverso asociado no es acotado, lo que provoca una alta sensibilidad frente a perturbaciones en los datos. Para abordar esta dificultad, se propone una estrategia de regularización basada en la Descomposición Modal Empírica Bidimensional (BEMD), cuyo objetivo es atenuar la variabilidad no deseada inducida por el ruido presente en las mediciones experimentales o simuladas. Se presentan diversos ejemplos numéricos que ilustran la efectividad de la metodología propuesta, y se comparan los resultados obtenidos con los reportados en la literatura, en los que se emplean otras técnicas de regularización clásicas. Además, se realiza un análisis detallado sobre las distribuciones de los errores y las propiedades estadísticas de los errores de aproximación, a fin de evaluar la robustez y estabilidad del enfoque desarrollado.