Curso de Posgrado: Computación de Alto Rendimiento en Mecánica Computacional. MPI, OpenMP, y Code Saturne.

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Sobre este curso

Este curso es financiado por el proyecto RED CYTED 516RT0512 COMPUTACIÓN DE ALTO DESEMPEÑO EN INGENIERÍA http://www.dimecusach.cl/cading/usach/

Docentes

Dres Luciano Garelli y Mario Storti

Contenidos generales

• Introducción a MPI. Comunicación punto a punto. Operaciones colectivas. Tiempos de comunicación y sincronización. Escalabilidad.

• Introducción a OpenMP. Conceptos básicos de OpenMP. Memoria compartida. Datos privados y públicos. Race conditions. El OpenMP estándar. Threads. Regiones paralelas. Pragmas. Cláusulas. Balance de carga: la cláusula `schedule'. Sincronización con barreras. Regiones críticas. Variables de entorno. Funciones de la librería en tiempo de ejecución.

• Introducción a la utilización de MPI/OpenMP en códigos de mecánica computacional (Code Saturne). Ejemplos de paralelización con MPI/OpenMP en Code Saturne.

• Generación y resolución de un problema empleando cálculo distribuido mediante MPI, OpenMP e híbrido. Análisis de resultados, tiempos de ejecución, escalabilidad y eficiencia.

• Técnicas de particionamiento y sistema de colas.

Bibliografía

• Transparencias (MPI-PETSc) (ver online)
• Using MPI: Portable Parallel Programming with the Message Passing Interface, W. Gropp, E. Lusk and A. Skeljumm. MIT Press 1995
• MPI: A Message-Passing Interface Standard, June 1995 (accessible at http://www.mpiforum.org)
• MPI-2: Extensions to the Message-Passing Interface November 1996, (accessible at http://www.mpiforum.org)
• MPI: the complete reference, Marc Snir, Bill Gropp, MIT Press (1998)
• Parallell Scientific Computing in C++ and MPI: A Seamless approach to parallel algorithms and their implementations, G. Karniadakis y RM Kirby, Cambridge U Press (2003)
• An Introduction Into OpenMP, IWOMP 2005. Ruud van der Pas, University of Oregon, Eugene, Oregon, USA, June 1-4, 2005. (download[original site]), (download[local copy])
• OpenMP Specifications 4.5, The OpenMP Architecture Review Board goo.gl/HKi3Wu
• Code Saturne 5 - User Guide, CS_5_user_guide
• Code Saturne 5 - Theory Guide, CS_5_theory_guide
• Code Saturne 5 - Tutorials, Tutorials

Material

• Acceso al cluster Coyote HOWTO
• Más instrucciones para el acceso a Coyote
• Usar CS con Docker HOWTO

Modo de evaluación

Un trabajo práctico individual con fecha de entrega.

Dirigido a

Alumnos de los Programas de Magister y Doctorado en Ciencias de la Ingeniería. Alumnos de pregrado niveles 10 al 12.

Estructura

• 4 módulos de 4 horas académicas cada uno.
• Fechas
  • Martes 4/7 10-13 hs.
  • Miércoles 5/7 10-13 hs
  • Jueves 6/7 14-17 hs
  • Viernes 7/7 10-13 hs

Opción a obtener

• Constancia de Asistencia % de las clases asistidas
• Constancia de Aprobación con suficiencia demostrada por trabajo práctico individual aprobado

Inscripción

Liberada, las personas interesadas en recibir Constancia de Asistencia y/o Aprobación, preinscribirse con Sra. Verónica Chureo verónica.chureo(at)usach.cl o el primer día en el lugar.

Lugar

Aula 210. 2do piso DIMEC-USACH.

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